Cách Nộp Báo Cáo Sử Dụng Chứng Từ Khấu Trừ Thuế TNCN

Cách nộp báo cáo sử dụng chứng từ khấu trừ thuế TNCN là quy trình bắt buộc đối với mọi tổ chức, doanh nghiệp khi phát hành và sử dụng chứng từ khấu trừ thuế cho người lao động. Đây không chỉ là yêu cầu về tuân thủ pháp lý mà còn là cơ sở để cơ quan thuế kiểm soát tính minh bạch và chính xác trong quản lý thuế thu nhập cá nhân.

Từ năm 2025, việc báo cáo sử dụng chứng từ điện tử được siết chặt hơn, yêu cầu kế toán thực hiện đúng hạn và đúng mẫu biểu. Hãy cùng LÊ ÁNH HR tìm hiểu chi tiết cách nộp, thời hạn và lưu ý quan trọng trong bài viết dưới đây!

1. Khái quát và căn cứ pháp lý về báo cáo sử dụng chứng từ khấu trừ thuế TNCN mới nhất

Báo cáo sử dụng chứng từ khấu trừ thuế TNCN là nghĩa vụ bắt buộc của các tổ chức, doanh nghiệp khi thực hiện khấu trừ thuế thu nhập cá nhân (TNCN) từ thu nhập của người lao động hoặc các cá nhân có thu nhập khác. Việc báo cáo này đảm bảo sự minh bạch trong quá trình kê khai thuế và giúp cơ quan thuế kiểm soát chính xác các khoản thuế đã khấu trừ. Theo quy định mới nhất, báo cáo này phải được thực hiện qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế và áp dụng chứng từ khấu trừ thuế điện tử một cách toàn diện.

Căn cứ pháp lý điều chỉnh báo cáo sử dụng chứng từ khấu trừ thuế TNCN:

1. Luật Quản lý thuế 2019: Đây là văn bản pháp lý chủ yếu điều chỉnh các hoạt động liên quan đến thuế, trong đó có quy định chi tiết về trách nhiệm của các tổ chức, doanh nghiệp trong việc khấu trừ thuế TNCN và báo cáo sử dụng chứng từ khấu trừ thuế. Luật này đã tạo nền tảng vững chắc cho các quy trình thu thuế và các biện pháp kiểm soát thuế trong toàn quốc.
2. Thông tư 80/2021/TT-BTC và Thông tư 37/2022/TT-BTC: Các thông tư này quy định chi tiết về việc khai báo thuế TNCN, bao gồm việc sử dụng chứng từ khấu trừ thuế. Thông tư 80/2021/TT-BTC hướng dẫn chi tiết về cách thức tổ chức khấu trừ thuế đối với thu nhập của người lao động, đồng thời xác định các nghĩa vụ báo cáo liên quan. Thông tư 37/2022/TT-BTC cập nhật thêm các quy định về chứng từ khấu trừ thuế và phương thức nộp báo cáo.
3. Nghị định 123/2020/NĐ-CP về hóa đơn – chứng từ điện tử: Nghị định này là căn cứ pháp lý quan trọng khi các tổ chức, doanh nghiệp chuyển sang sử dụng chứng từ khấu trừ thuế điện tử thay vì các chứng từ giấy truyền thống. Điều này giúp đơn giản hóa quy trình kê khai thuế và nâng cao tính minh bạch, tiết kiệm chi phí cho doanh nghiệp.

Điểm mới quan trọng: Theo quy định mới, việc báo cáo sử dụng chứng từ khấu trừ thuế TNCN phải được thực hiện qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế, không còn phụ thuộc vào các hình thức báo cáo giấy như trước. Điều này không chỉ giúp giảm thiểu sai sót trong quá trình nộp báo cáo mà còn tạo điều kiện cho cơ quan thuế giám sát và xử lý các vấn đề liên quan đến thuế hiệu quả hơn. Đồng thời, chứng từ khấu trừ thuế cũng phải được thực hiện dưới dạng điện tử, giảm thiểu các thủ tục hành chính và gia tăng tính chính xác trong công tác báo cáo thuế.

Kết luận: Việc áp dụng các quy định pháp lý mới về báo cáo sử dụng chứng từ khấu trừ thuế TNCN không chỉ giúp tăng cường tính minh bạch trong việc thực hiện nghĩa vụ thuế mà còn giúp các doanh nghiệp giảm thiểu thời gian và chi phí khi thực hiện các thủ tục hành chính liên quan. Do đó, việc nắm vững các quy đị

1. Đối tượng, kỳ và thời hạn nộp báo cáo sử dụng chứng từ khấu trừ thuế TNCN

Để đảm bảo tuân thủ pháp luật thuế và tránh các rủi ro xử phạt hành chính, các tổ chức, doanh nghiệp cần nắm rõ đối tượng phải lập báo cáo, kỳ báo cáo và thời hạn nộp báo cáo sử dụng chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân (TNCN) theo quy định mới nhất hiện nay.

1. Đối tượng phải nộp báo cáo

Theo hướng dẫn tại Thông tư 37/2010/TT-BTC và các quy định hiện hành của Tổng cục Thuế, mọi tổ chức, doanh nghiệp, cơ quan, đơn vị chi trả thu nhập có khấu trừ thuế TNCN đều phải lập và nộp báo cáo sử dụng chứng từ khấu trừ thuế TNCN.
Bao gồm:

• Doanh nghiệp chi trả tiền lương, tiền công cho người lao động.
• Tổ chức chi trả hoa hồng, thù lao, tiền bản quyền, chuyển nhượng vốn, đầu tư tài chính…
• Các tổ chức chi trả thu nhập khác có khấu trừ thuế trước khi thanh toán cho cá nhân.

Các đơn vị này đồng thời phải đăng ký phát hành chứng từ khấu trừ thuế TNCN với cơ quan thuế và báo cáo định kỳ tình hình sử dụng (số chứng từ đã phát hành, đã sử dụng, còn tồn, hủy hoặc mất).

2. Kỳ báo cáo

Kỳ báo cáo được xác định theo quý, tương ứng với kỳ kê khai thuế TNCN.
Cụ thể:

• Quý I (từ 01/01 đến 31/3)
• Quý II (từ 01/4 đến 30/6)
• Quý III (từ 01/7 đến 30/9)
• Quý IV (từ 01/10 đến 31/12)

Trong từng kỳ, doanh nghiệp cần thống kê chi tiết toàn bộ chứng từ khấu trừ đã sử dụng, hủy hoặc mất; rà soát tính hợp lệ và đối chiếu với số liệu khai thuế TNCN để đảm bảo khớp đúng trước khi lập báo cáo gửi cơ quan thuế.

3. Thời hạn nộp báo cáo

Thời hạn nộp báo cáo sử dụng chứng từ khấu trừ thuế TNCN được quy định cụ thể như sau:

• Quý I: chậm nhất ngày 30/4 năm báo cáo.
• Quý II: chậm nhất ngày 30/7.
• Quý III: chậm nhất ngày 30/10.
• Quý IV: chậm nhất ngày 30/01 năm sau.

Doanh nghiệp cần lưu ý, trường hợp không phát sinh sử dụng chứng từ trong kỳ, vẫn phải nộp báo cáo với nội dung “không phát sinh”. Nếu nộp chậm, không nộp hoặc sai kỳ, doanh nghiệp có thể bị xử phạt vi phạm hành chính theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP, với mức phạt có thể lên tới 25 triệu đồng tùy mức độ vi phạm.

Kết luận:
Việc nắm rõ kỳ và thời hạn nộp báo cáo sử dụng chứng từ khấu trừ thuế TNCN giúp doanh nghiệp tuân thủ pháp luật, tránh rủi ro phạt chậm nộp, đồng thời thể hiện tính chuyên nghiệp và minh bạch trong công tác kế toán – thuế.

III. Quy trình 4 bước nộp báo cáo sử dụng chứng từ khấu trừ thuế TNCN

Nộp báo cáo sử dụng chứng từ khấu trừ thuế TNCN là nghĩa vụ bắt buộc đối với tổ chức trả thu nhập. Dưới đây là quy trình 4 bước chuẩn và chi tiết, áp dụng cho cả chứng từ giấy và điện tử, đảm bảo nộp đúng – đủ – không bị trả lại.

Bước 1 – Chuẩn bị dữ liệu (Bước nền quan trọng nhất)

Mục tiêu: Đảm bảo dữ liệu khớp tuyệt đối với sổ ấn chỉ và hồ sơ khấu trừ.

Thực hiện:

• Tổng hợp toàn bộ chứng từ khấu trừ thuế TNCN đã phát hành trong kỳ:
  → Bao gồm các chứng từ đã cấp cho cá nhân, đã hủy, còn tồn theo từng ký hiệu mẫu, số từ... đến...
  → Với chứng từ điện tử: trích xuất danh sách từ phần mềm hóa đơn/chứng từ điện tử (theo log phát hành).
• Đối chiếu sổ theo dõi ấn chỉ:
  → Mở Sổ theo dõi sử dụng chứng từ khấu trừ (mẫu nội bộ) và kiểm tra tính liên tục số thứ tự; nếu bị “mất số” phải lập biên bản giải trình.
  → So sánh với bảng kê CTT25/AC kỳ trước để đảm bảo tồn đầu kỳ khớp tồn cuối kỳ trước.
• Kiểm tra nghĩa vụ thuế:
  → Đảm bảo các chứng từ đã cấp tương ứng với khoản thuế TNCN đã kê khai và nộp vào NSNN (tránh trùng khấu trừ).
• Mẹo nghiệp vụ:
  Tạo bảng 3 cột (Đã cấp – Đã hủy – Còn tồn) trên Excel, đánh dấu màu cảnh báo với số chứng từ bị trùng hoặc nhảy số — đây là bảng kiểm nhanh trước khi lập báo cáo.

Bước 2 – Lập báo cáo (Đúng mẫu – Đủ dữ liệu – Không nhầm lẫn)

Mẫu báo cáo chính thức: Bảng kê CTT25/AC – Báo cáo tình hình sử dụng chứng từ khấu trừ thuế TNCN, ban hành kèm theo Quyết định 2262/QĐ-TCT ngày 31/12/2023.

Hướng dẫn chi tiết lập trên phần mềm:

• Mở HTKK hoặc eTax → chọn mục Hóa đơn/Ấn chỉ → Bảng kê sử dụng chứng từ khấu trừ TNCN (CTT25/AC).
• Nhập đầy đủ thông tin:
• Tên tổ chức trả thu nhập, MST, kỳ báo cáo, cơ quan thuế quản lý.
• Ký hiệu mẫu, ký hiệu chứng từ, số từ... đến..., số đã cấp, số đã hủy, số còn tồn.
• Kiểm tra logic giữa các cột:
  Tồn đầu kỳ + Nhập trong kỳ = Đã cấp + Đã hủy + Tồn cuối kỳ.

Với chứng từ điện tử (NĐ 70/2025/NĐ-CP):

• Dữ liệu được xuất tự động file XML từ phần mềm chứng từ điện tử → tải trực tiếp lên cổng thuế.
• Kiểm tra tính thống nhất mã tra cứu và ngày phát hành để tránh lỗi hệ thống từ chối.

Lưu ý quan trọng:

• Nhiều kế toán nhầm 05/KK-TNCN (tờ khai khấu trừ thuế) với CTT25/AC (báo cáo sử dụng chứng từ). Hai biểu mẫu hoàn toàn khác nhau, phải nộp cả hai nếu có phát sinh.

Bước 3 – Nộp báo cáo (Online hoặc trực tiếp tại cơ quan thuế)

Phương thức 1 – Nộp online qua Cổng Thuế điện tử (khuyến khích):
Truy cập https://thuedientu.gdt.gov.vn → chọn Doanh nghiệp → Khai thuế.
Thao tác chuẩn:

1. Đăng nhập bằng MST và mật khẩu (hoặc chữ ký số).
2. Chọn Tờ khai/Báo cáo khác → Bảng kê CTT25/AC.
3. Tải file XML từ máy tính (hoặc kết xuất trực tiếp từ HTKK).
4. Ký điện tử (token) → hệ thống xác nhận chữ ký hợp lệ.
5. Nộp báo cáo → chờ thông điệp phản hồi của Tổng cục Thuế.

→ Nếu báo cáo hiển thị trạng thái “Đã tiếp nhận” hoặc “Đã chấp nhận” là hợp lệ. Nếu hiển thị “Từ chối”, bấm vào mã lỗi để xem nguyên nhân (sai dải số, thiếu chữ ký, file XML lỗi…).

Phương thức 2 – Nộp trực tiếp (trường hợp đặc biệt):

• In báo cáo CTT25/AC, ký tên, đóng dấu và nộp tại Bộ phận một cửa cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
• Cần mang theo bản gốc chứng từ khấu trừ đã hủy để cơ quan thuế kiểm tra khi yêu cầu.

Khuyến nghị: Luôn ưu tiên nộp trực tuyến, vì hệ thống eTax lưu toàn bộ lịch sử gửi – nhận, tránh thất lạc hồ sơ và dễ tra cứu khi cần.

Bước 4 – Kiểm tra & Lưu trữ hồ sơ (Hoàn thiện quy trình)

Sau khi nộp:

• Vào mục Tra cứu → Tờ khai → Báo cáo khác trên eTax, xem trạng thái báo cáo.
• Khi báo cáo được “Chấp nhận”, tải và lưu Thông báo tiếp nhận + Biên nhận điện tử (file PDF/XML).

Lưu trữ hồ sơ:

• Lưu toàn bộ:
• File XML/PDF báo cáo CTT25/AC đã nộp.
• Thông báo tiếp nhận, biên nhận điện tử, log ký số.
• Sổ theo dõi ấn chỉ, bảng đối chiếu nội bộ.
• Thời gian lưu trữ: tối thiểu 10 năm theo Luật Kế toán.
• Với chứng từ điện tử: lưu thêm mã tra cứu, tệp gốc XML, bản sao dữ liệu hệ thống phát hành để sẵn sàng cung cấp khi thanh tra thuế yêu cầu.

Mẹo nhỏ: tạo thư mục riêng cho từng kỳ báo cáo (theo quý hoặc năm), đặt tên file theo cấu trúc:
[CTT25AC]_MST_[Kỳ báo cáo]_YYYYMMDD.xml → dễ tra cứu, đối chiếu nhanh.

Đoạn kết (≤50 từ):
Thực hiện đúng 4 bước nộp báo cáo sử dụng chứng từ khấu trừ thuế TNCN giúp kế toán tránh sai sót, hồ sơ được chấp nhận ngay và sẵn sàng khi thanh kiểm tra thuế.
👉 Theo dõi LÊ ÁNH HR để cập nhật hướng dẫn nghiệp vụ thuế – bảo hiểm mới nhất mỗi kỳ báo cáo.

IV. Lưu ý & Lỗi thường gặp khi lập – nộp báo cáo sử dụng chứng từ khấu trừ thuế TNCN

Trong thực tế, không ít doanh nghiệp và kế toán viên gặp rủi ro phạt hành chính chỉ vì những sai sót nhỏ khi lập hoặc nộp báo cáo sử dụng chứng từ khấu trừ thuế TNCN. Dưới đây là những lỗi phổ biến và hướng dẫn khắc phục cụ thể để đảm bảo tuân thủ đúng quy định mới nhất.

1. Không đối chiếu số liệu giữa chứng từ và tờ khai thuế TNCN

Lỗi này khiến số liệu báo cáo không trùng khớp với dữ liệu đã kê khai. Kế toán cần thường xuyên đối chiếu định kỳ giữa sổ chi tiết, tờ khai thuế TNCN và sổ chứng từ khấu trừ trước khi lập báo cáo. Việc lập “Bảng đối chiếu nội bộ” hàng quý sẽ giúp phát hiện sai lệch sớm.

2. Gộp nhiều kỳ báo cáo trong cùng biểu mẫu

Theo quy định, mỗi kỳ báo cáo phải được lập riêng, tuyệt đối không gộp. Kế toán nên thiết lập file Excel hoặc phần mềm quản lý chứng từ có phân loại kỳ báo cáo tự động để tránh trùng kỳ, sai kỳ hoặc quên kỳ.

3. Sử dụng chứng từ chưa được cấp mã hoặc đã hết hạn

Trước khi lập báo cáo, cần kiểm tra tình trạng chứng từ trên Cổng thông tin Tổng cục Thuế (eTax hoặc eInvoice). Nếu phát hiện chứng từ chưa được cấp mã, phải hủy và lập lại. Khi hết hạn, cần nộp hồ sơ đề nghị cấp chứng từ mới theo mẫu 01/ĐNCT-TNCN.

4. Không nộp báo cáo khi không phát sinh

Dù không có khấu trừ thuế, doanh nghiệp vẫn phải nộp báo cáo “trống” theo đúng hạn (chậm nhất ngày 30/01 năm sau). Đây là nghĩa vụ hành chính, không thực hiện vẫn bị phạt từ 2 – 5 triệu đồng theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP.

5. Mất chứng từ nhưng không khai báo kịp thời

Nếu phát hiện mất, hỏng hoặc cháy chứng từ, kế toán phải lập biên bản sự việc, thông báo ngay cho cơ quan thuế trong 5 ngày làm việc, kèm theo văn bản giải trình. Đồng thời, nên scan toàn bộ chứng từ đã phát hành để lưu bản điện tử dự phòng.

💡 Giải pháp chuyên nghiệp dành cho kế toán

• Ứng dụng phần mềm quản lý chứng từ điện tử (VD: MISA, CyberBill, EasyInvoice...) để theo dõi phát hành – sử dụng – tồn chứng từ tự động.
• Thiết lập lịch nhắc nộp báo cáo tự động (qua Google Calendar hoặc phần mềm quản trị nội bộ) để đảm bảo không trễ hạn.
• Xây dựng checklist kiểm tra nội bộ trước khi nộp gồm 5 bước: rà soát mã chứng từ → đối chiếu số liệu → xác nhận kỳ → in/scan lưu trữ → gửi báo cáo.
• Đào tạo định kỳ cho kế toán nhân sự phụ trách TNCN nhằm cập nhật quy định mới (đặc biệt là khi thay đổi mẫu biểu hoặc quy trình điện tử).

Kết luận:
Tuân thủ nghiêm các lưu ý trên không chỉ giúp doanh nghiệp nộp đúng hạn báo cáo sử dụng chứng từ khấu trừ thuế TNCN mà còn thể hiện sự chuyên nghiệp trong quản trị thuế. Hãy đầu tư hệ thống và quy trình chuẩn ngay từ hôm nay để tránh sai sót đáng tiếc.

1. Kinh nghiệm thực tế & khuyến nghị cho kế toán nhân sự

Trong công tác kế toán nhân sự, việc đảm bảo tính chính xác và tuân thủ đúng quy định pháp lý là vô cùng quan trọng. Dưới đây là một số kinh nghiệm thực tế và khuyến nghị giúp kế toán nhân sự nâng cao hiệu quả công việc và tránh sai sót:

1. Kiểm soát chặt việc phát hành, hủy, và lưu chứng từ khấu trừ
   Việc kiểm soát và quản lý chứng từ khấu trừ thuế TNCN cần được thực hiện chặt chẽ từ khâu phát hành đến lưu trữ. Mọi chứng từ phải được cấp phát đúng quy trình và có chứng từ gốc kèm theo để đảm bảo tính hợp pháp khi khai báo thuế.
2. Đồng bộ dữ liệu giữa phòng nhân sự và kế toán
   Sự phối hợp giữa phòng nhân sự và kế toán là yếu tố then chốt giúp đồng bộ hóa thông tin về thuế TNCN và các khoản khấu trừ. Việc này giúp giảm thiểu sai sót trong việc kê khai thuế và xác định số tiền phải nộp, từ đó hạn chế rủi ro trong công tác báo cáo.
3. Lưu trữ hồ sơ đầy đủ và đúng quy định
   Hồ sơ kế toán nhân sự cần được lưu trữ cả bản cứng và bản điện tử để đảm bảo tính an toàn và dễ dàng tra cứu khi cần thiết. Theo quy định hiện hành, thời gian lưu trữ tối thiểu là 10 năm, giúp doanh nghiệp dễ dàng kiểm tra và phục hồi thông tin khi cần thiết.
4. Khóa học chuyên sâu về Thuế TNCN & Tiền lương
   Kế toán nhân sự nên tham gia các khóa học như “Thuế TNCN & Tiền lương thực hành” tại LÊ ÁNH HR để củng cố kiến thức chuyên môn, nâng cao kỹ năng kê khai và báo cáo thuế, đồng thời học cách xử lý sai sót thực tế trong công việc.

Kết luận: Việc áp dụng các phương pháp trên sẽ giúp kế toán nhân sự không chỉ giảm thiểu rủi ro sai sót mà còn nâng cao tính chuyên nghiệp và hiệu quả công việc.

Cách nộp báo cáo sử dụng chứng từ khấu trừ thuế TNCN đúng hạn không chỉ thể hiện sự tuân thủ pháp luật mà còn giúp doanh nghiệp tránh rủi ro bị xử phạt, đảm bảo tính minh bạch trong quản lý thuế. Kế toán nhân sự cần thường xuyên cập nhật quy định mới để thực hiện đúng quy trình và biểu mẫu theo hướng dẫn hiện hành.

👉 Hy vọng bài viết mang lại thông tin hữu ích cho bạn. Theo dõi LÊ ÁNH HR để cập nhật thêm nhiều bài viết chuyên sâu về thuế, bảo hiểm, tiền lương và khóa học thực hành giúp bạn làm nghề vững vàng hơn.